בהיותו עורך לשעבר וחבר מערכת במגוון רחב של פרסומים מחקריים, שימש פרופ' בן-ששון כנשיא האיגוד העולמי למדעי היהדות, כסגן נשיא קרן הזיכרון לתרבות יהודית וכיו"ר מכון בן-צבי לחקר קהילות ישראל במזרח, וכן הוא נמנה עם חברי מועצת  יד ושם. בשנת 2016 נבחר לחבר באקדמיה האירופית למדע ואומנות.

רשימת פרסים:

1978-1979         Research Grant of the Ministry for Education and Culture;

                        Center for Integration of the Heritage of Oriental Jewry

1980                 The HebrewUniv., Research Fellows' Prize

1980-1981         Moritz and Scharlota Warburg Prize

1982-1983         Memorial Foundation for Jewish Culture (Doctoral Scholarship)

1983-1984         Rothschild Fellowship

1985-1988         Alon Fund of the Israeli Council for Higher Education

1996/7              Feher Prize for Jewish History, and

1996/7              The Ben-Zvi Prize for the Study of Jewish Heritage.

2010                 Honorary doctoral degree from The Jewish Theological Seminary

קישור לYouTube :

ערוץ היוטיוב של האוניברסיטה משופע בנאומים של פרופ' בן-ששון משלל אירועים: חבר הנאמנים, טקסי מלגות וימי עיון.

קישור לערוץ

הרצאה: פרופ' בן-ששון- המהפכה האינטלקטואלית היהודית במאה ה10 - לצפייה לחץ.

תחומי המחקר:

ההיסטוריה החברתית, התרבותית והאינטלקטואלית של היהודים במוצאי ימי-הביניים ובראשית העת החדשה במאות ה-18-14: בספרד, בארצות האסלאם (בעיקר באימפריה העות'מאנית ובארץ-ישראל), ובאיטליה. תולדות הספר העברי והדפוס העברי במאות ה-18-14.

פרסם למעלה מ-80 מאמרים מדעיים וערך כ-40 קבצים וכתבי-עת מחקריים. 

פרופ' יובל הוא בוגר האוניברסיטה העברית בחוגים להיסטוריה של עם ישראל ותולדות המחשבה היהודית באוניברסיטה העברית בירושלים (1976), תלמיד לדוקטורט באוניברסיטה העברית החל בשנת 1977. בשנים 1981-83 לימודים באוניברסיטת קלן שבגרמניה. נושא הדיסרטציה: "רבנים ורבנות בגרמניה, 1500-1350". אושרה בציון summa cum laude ב-1985‏.

עוזר מחקר בגרמניה יודאיקה 3 (1977 ואילך) ובספר היישוב חלק ג (1979 ואילך) - שני מפעלי איסוף של מקורות הנוגעים למקומות היישוב של יהודים בימי הביניים - בגרמניה ובארץ ישראל. מורה מן החוץ באוניברסיטת תל אביב, משרה באוניברסיטה הפתוחה בשנת 1990, ומעבר בשנת 1993 לאוניברסיטה העברית. מנהל אקדמי של התוכנית לב"א בבית הספר לתלמידים בחו"ל (1995). החל בשנת 1998 (עם פרופסור מיכאל טוך מירושלים ופרופסור סטפן רוהרבכר מדיסלדורף) עורך ראשי של גרמניה-יודאיקה 4, מפעל ישראלי-גרמני המוציא לאור לקסיקון היסטורי-גאוגרפי של הקהילות היהודיות בגרמניה מראשיתן ועד העת החדשה. בשנים 2011/2 עורך כתב העת "תרביץ – רבעון למדעי היהדות".

בשנת 2002 ייסד את "סכוליון – מרכז למחקר רב תחומי בלימודי היהדות" באוניברסיטה העברית ומנהלו עד 2010. מרצה אורח באוניברסיטה החופשית בברלין (1989), באוניברסיטת טריר שבגרמניה (1992), באוניברסיטת היידלברג (2004) ובאוניברסיטת פרינסטון (2004, 2009). עמית מחקר באוניברסיטת פנסילבניה (2000), במכון ללימודים מתקדמים בירושלים (2001) וב-Wissenschsftskolleg בברלין (2012).

זוכה פרס שז"ר בשנת 1989 על הספר "חכמים בדורם – המנהיגות הדתית של היהודים בגרמניה במוצאי ימי הביניים" שיצא לאור בהוצאת מאגנס.

זוכה פרס ביאליק בשנת 2002 על הספר "שני גוים בבטנך: יהודים ונוצרים – דימויים הדדיים" שיצא לאור בהוצאת עם עובד. הספר תורגם לאנגלית (בהוצאת University of California Press), לצרפתית (בהוצאת Albin Michel) ולגרמנית (בהוצאת Vandenhoeck&Ruprecht).

בשנת 2012 זכה הספר לפרס מטעם ה-Académie des Inscriptions et Belles-Lettres של צרפת.

ב-7 במרץ 2016 הענקת אות הכבוד וההצטיינות במסדר הרפובליקה הפדראלית של גרמניה (Verdienstkreuz am Bande des Verdienstordens der Bundesrepublik Deutschland).