תחומי מחקר עיקריים: יהדות ספרד לאחר הגירוש; תופעת האנוסים ופזורתם; הקהילות הספרדיות המערביות; התסיסה הרעיונית בקרב הספרדים במערב אירופה; הנאורות המוקדמת בקרב היהודים הספרדים המערביים.

תפקידים שמילא:  יו"ר החברה ההיסטורית הישראלית בשנים 1992-200; מנהל בית הספר להיסטוריה באוניברסיטה העברית בשנים 2001-2004; נשיא האיגוד העולמי למדעי היהדות בשנים 2009-2013; מאז 2013 יו"ר החטיבה למדעי הרוח באקדמיה הלאומית הישראלית למדעים.

בשנת 2003 קיבל את פרס בן צבי ובשנת 2013 היה חתן פרס ישראל.

בשנת 2012 זכה למענק מטעם המועצה האירופית למחקר (ERC) לחמש שנים.

משנת 2004 חבר באקדמיה הלאומית הישראלית למדעים.

בין פרסומיו העיקריים: "מנצרות ליהדות. חייו ופועלו של האנוס יצחק אורוביו די קאסטרו" (ירושלים, תשמ"ג); "Les nouveaux juifs d'Amsterdam" (Paris 1999 ; "מנוצרים חדשים ליהודים חדשים" (ירושלים תשס"ג)