תלמידי החוג בכל התארים מתמודדים ואף זוכים במגוון רחב של מלגות ופרסים יוקרתיים בתוך האוניברסיטה ומחוצה לה ביניהן מלגות הנשיא, רוטנשטרייך הופמן, מלגת בית הספר מנדל ועוד. אולם ישנם לא מעט פרסים ומלגות שהחוג עצמו והמרכזים הקשורים בו מציעים על בסיס תחרותי.

רשימה חלקית (מדי שנה מתפרסמים "קולות קוראים" הכוללים את התנאים המדויקים להגשת מועמדות)

תואר ראשון

• בכל שנה מתפרסם קול קורא מטעם החוג המעניק מלגות רבות ופרסים לתלמידות ותלמידי תואר בוגר. 

תואר שני

• פרס אריך ואוטו דב קולקה - הקרן תעניק פרסים לעבודות גמר של תלמידי מוסמך ושל תלמידי מחקר בתולדות ישראל בימי הביניים ובעת החדשה, תוך העדפת עבודות העוסקות בתולדות יהודי צ'כיה ו/או בתקופת השואה.
• מלגת המכון ליהדות זמננו לתלמידי תואר שני – מלגת הצטיינות הפתוחה לכלל תלמידי האוניברסיטה העברית לתואר מוסמך במסלול המחקרי שאחד מהמדריכים, לפחות, הוא איש סגל במכון ליהדות זמננו ושעוסקים באחד מהנושאי המחקר של המכון. המלגה מוענקת על בסיס תחרותי.
• מלגות מרכז משגב ירושלים – מלגות מטעם מרכז משגב ירושלים לחקר יהודי ספרד וארצות האסלאם יוענקו לתלמידי מחקר המתמחים בתחומי העניין של המרכז ובהתאם לקול קורא המתפרסם מדי שנה. הוועדה האקדמית בוחרת בזוכים על פי הצטיינותם.

דוקטורנטים

• פרס מנדוזה – מחולק מדי שנה לתלמיד מחקר מצטיין על סמך המלצות חוקרים בכירים.
• פרס שטרן – מחולק מדי שנה לתלמיד מחקר מצטיין על סמך המלצות חוקרים בכירים.
• פרס אריך ואוטו דב קולקה – הקרן תעניק פרסים לעבודות גמר של תלמידי מוסמך ושל תלמידי מחקר בתולדות ישראל בימי הביניים ובעת החדשה, תוך העדפת עבודות העוסקות בתולדות יהודי צ'כיה ו/או בתקופת השואה
• מלגת המכון ליהדות זמננו לדוקטורנטים – מלגת הצטיינות הפתוחה לכלל תלמידי האוניברסיטה העברית, שעבודת מחקרם אושרה ע"י הרשות לתלמידי מחקר ושאחד מהמדריכים, לפחות, הוא איש סגל במכון ליהדות זמננו. המלגה מוענקת על בסיס תחרותי.
• מלגות מרכז משגב ירושלים – מלגות מטעם מרכז משגב ירושלים לחקר יהודי ספרד וארצות האסלאם יוענקו לתלמידי מחקר המתמחים בתחומי העניין של המרכז ובהתאם לקול קורא המתפרסם מדי שנה. הוועדה האקדמית בוחרת בזוכים על פי הצטיינותם.