את ההיסטוריה של העם היהודי החלו ללמד באוניברסיטה העברית מאז הקמתה ב1925 במסגרת המכון למדעי היהדות. אולם החוג עצמו הוקם בשנת 1936 על ידי שניים מגדולי ההיסטוריונים של העם היהודי – פרופ' יצחק בער ופרופ' בן ציון דינבורג (דינור). הללו היו שניים מעמודי התווך של מה שלימים כונה "האסכולה הירושלמית" בחקר תולדות ישראל. אסכולה זו והביקורת שעוררה, כולל מצד חוקרי הדורות הבאים בחוג עצמו, הותירו חותם בל ימחה על המחקר המודרני של העם היהודי. חוג זה היווה דגם שאותו חיקו האוניברסיטאות האחרות שקמו בשנים שלאחר קום המדינה ורבים מהמורים בחוגים אלו הם בוגריו. בשנת הלימודים 2007/8 תשע"ח התאחד החוג להיסטוריה של עם ישראל עם החוג ליהדות זמננו ומאז הוא נקרא "החוג להיסטוריה של עם ישראל ויהדות זמננו".