פרופ' חכם עוסק בתולדות היהודים בימי הבית השני, המשנה והתלמוד. עיקר עיסוקו הוא בתולדות יהדות הגולה בתקופה זו. לאחרונה יצאו לאור שני כרכים של אוסף הפפירוסים היהודים (Corpus Papyrorum Judaicarum) בעריכתו יחד עם פרופ' טל אילן.

פרסומים נחברים

"מהדר לקלון: על חורבנה של יהדות מצרים בספרות חז"ל", תרביץ עב (תשס"ג), עמ' 488-463

"רבן שמעון בן גמליאל בביתר", תרביץ עד (תשסה), עמ' 564-547

The Letter of Aristeas: A New Exodus Story?’, Journal for the Study of Judaism in the Persian, Hellenistic and Roman Period 36 (2005), pp. 1-20

‘Bigthan and Teresh and the Reason Gentiles Hate Jews’, Vetus Testamentum 62 (2012), pp. 318-356