פרופ' מן המניין ומחזיק הקתדרה ע"ש ברנרד צ'ריק להיסטוריה יהודית; מנהל מרכז 'משגב ירושלים לחקר והוראת מורשת יהודי ספרד והמזרח'.
בן-נאה מתמחה בתולדות היהודים באימפריה העות'מאנית, ובתולדות ארץ-ישראל בתקופה העות'מאנית, ופירסם למעלה ממאה מאמרים העוסקים בצדדים שונים של ההיסטוריה החברתית והתרבותית שלהם. ספרו 'יהודים בממלכת הסולטנים' יצא לאור בעברית, באנגלית ובתורכית; מהדורה מדעית של 'כרוניקה עברית אנונימית על הסולטנים במחצית הראשונה של המאה הי"ז' פורסמה באנקרה; ולאחרונה האוטוביוגרפיה המוערת 'ספר תולדות משפחה'. הוא ערך את ספר תורכיה בסדרת ספרי הקהילות של מכון בן-צבי, את הספר 'אסופה ליוסף', ועורך את ספר ירושלים בתקופה העות'מאנית (יד יצחק בן-צבי). בשנה הקרובה יראה אור ספרו על הצוואות העבריות (מרכז שז"ר).
שעות הקבלה שלי הן יום ד', 12:00-11:00 ובמועדים נוספים בתיאום מוקדם.